По замыслу Копполы Майкл должен был убить Фредо. Автор романа и соавтор сценария Марио Пьюзо сначала воспротивился этому, но затем согласился – при одном условии: убийство должно произойти только после смерти матери героев.
По словам Копполы, второй фильм не задумывался как сиквел в голливудском понимании этого слова. Сценарий представлял как бы вторую часть романа. Это оказало влияние и на методы производства картины. На съемках использовалась та же аппаратура, что и на первом «Крестном отце», хотя в 1974 году уже появились более современные технологии.

В ранней версии сценария была сюжетная линия, в которой у Тома Хагена развивался роман с вдовой Сонни Корлеоне. Позже от этих сцен было решено отказаться, но при этом сохранилась фраза Майкла Корлеоне с упоминанием любовницы Хагена.

В одной из вырезанных сцен, которая включена в DVD-версию фильма, Вито, Дженко и Клеменца встречаются в магазине, принадлежащему некоему синьору Копполе. Клеменца просит Копполу, чтобы его сын Кармин сыграл на кларнете. Существует предположение, что эту сцену режиссер посвятил своему отцу Кармину Копполе, сочинившему дополнительную музыку для первых двух «Крестных отцов».